Bà Anê Lê Thị Thành là người có lòng bác ái hay yêu thương giúp đỡ mọi người, nhất là các linh mục. Bà cùng chồng dành hẳn một khu nhà đặc biệt cho các linh mục trú ẩn.[6] Thời ấy vua Thiệu Trị đang có chính sách cấm đạo, tội chứa chấp linh mục có thể bị chết. Lúc bấy giờ là tháng 3 năm 1841, có 4 linh mục đang hoạt động tại làng Phúc Nhạc gồm linh mục Berneux Nhân ở nhà ông Phaolô Thức, linh mục Galy Lý ở nhà ông Trùm Cơ, linh mục Thành ở nhà bà Đê và linh mục Ngân ở một nhà khác. Linh mục Thành có một người giúp việc tên Đễ. Người này vì tham tiền nên đã lén báo quan chỗ các linh mục đang ở.[7],

Sáng ngày 14 tháng 4 năm 1841, ngay lễ Phục Sinh, quan Tổng đốc Trịnh Quang Khanh cùng 500 lính ập xuống làng Phúc Nhạc. Quan lệnh tất cả mọi người trong làng phải tập trung ở một chỗ rồi cho lính đi lục soát từng nhà. Linh mục Thành và Ngân nhanh chân nên may mắn trốn thoát; linh mục Nhân vì sơ suất để lộ gấu áo trên gác nhà dòng Mến Thánh Giá nên, còn linh mục Lý thì được ông Cơ dẫn sang nhà bà Đê. Bà chỉ cho ông một chỗ trốn ở cái mương khô sau vườn cạnh bụi tre, rồi cùng con gái lấy rơm phủ lên. Không may quân lính cũng đã nhìn thấy ông vào nhà bà. Nhà của bà liền bị lục soát, mọi tài sản đều bị tịch thu, còn bản thân bà, linh mục Lý, ông Cơ và 2 nữ tu thì bị trói và đeo gông ra đình làng. Khi đó bà 60 tuổi.[3][7]

Lúc mới bị bắt bà rất sợ hãi, nhưng khi ra tới đình làng thì bà không còn có vẻ gì là sợ sệt nữa. Bà và những người bị bắt cùng phải đeo gông đi bộ suốt đêm từ Phúc Nhạc ra Nam Định. Vì tuổi già sức yếu, đường thì xa nên nhiều lần quân lính phải mang giúp. Khi ra công trường, quan bắt bà cùng hai nữ tu phải chối đạo nhưng cả ba đều nhất quyết không chịu. Quan truyền lệnh đánh, lúc đầu thì bằng roi, sau lấy củi lớn quật vào chân bà, vừa đánh vừa kéo bà qua Thánh Giá. Bà sấp mình xuống đất kêu lớn tiếng:

“Lạy Chúa, xin thương giúp con, con không bao giờ muốn chối bỏ lòng tin Chúa, nhưng vì con là đàn bà yếu đuối, nên họ dùng sức mạnh để cưỡng bách con đạp lên Thập Giá”[7]

Không lay chuyển được niềm tin của bà, quan tống bà vào tù. Ở đó bà phải chịu đủ loại cực hình tra tấn, bị đánh đập tàn nhẫn, nhưng bà vẫn không thối chí, không bước qua Thánh Giá cũng như không khai chỗ trú ẩn của các linh mục khác.[8] Quan bèn lệnh cho bỏ rắn độc vào người bà.[4] Vì là thân đàn bà, bà rất sợ hãi, nhưng sau khi cầu nguyện lên Chúa, bà can đảm đứng yên nên rắn không cắn. Quan bực tức lại truyền đánh bà mạnh hơn trước. Về sau bà chia sẻ với chồng lúc ông vào thăm: “Họ đánh đập tôi vô cùng hung  dữ, đến đàn ông chưa chắc đã chịu nổi, nhưng tôi được ơn Ðức Mẹ giúp sức, nên không cảm thấy đau  đớn gì”.[6]

Bị nhốt cùng chung với bà có hai nữ tu dòng Mến Thánh Giá là Anna Khiêm và Anê Thanh. Hai dì cũng bị thả rắn vào áo, cốt để làm cho sợ mà khai ra chỗ ẩn trốn của các linh mục.[2] Hai nữ tu này cũng đã thay nhau chăm sóc bà khi bà mắc chứng kiết lị vì điều kiện vệ sinh trong tù không tốt. Các linh mục cũng gởi thuốc cho bà và ban phép giải tội, xức dầu.[7]

Khi con gái vào thăm, thấy quần áo bà đầy máu liền òa khóc, bà ôn tồn bảo: "Con đừng khóc, mẹ mặc áo hoa hồng đấy, mẹ vui lòng chịu khổ vì Giêsu, sao con lại khóc?".[4] Bà khuyên con nên về để sửa soạn việc nhà, sốt sắng giữ đạo, sáng tối đọc kinh và cầu nguyện cho bà đủ sức để vác Thánh Giá Chúa đến cùng.[9] Cuối cùng, vì kiệt sức, bà qua đời vào ngày 12 tháng 7 năm 1841, hưởng thọ 61 tuổi.[10]